ご本殿には、ご祭神が宿るご神体である鏡や剣などが置かれています。例えば、八坂神社（神奈川県藤沢市）のご本殿には木像が置かれており、そこにスサノオノミコトが宿っているとされています。

 

また、熱田神宮（愛知県名古屋市）のご本殿には草薙剣というご神体がおかれ、熱田大神が宿っていると言われています。

※　草薙剣は古事記にも記載があり、スサノオノミコトからアマテラスオオミカミに献上された剣であり、その際にアマテラスオオミカミの御霊が宿ったとされており、その御霊が熱田大神と言われています

 

神道をはじめとする宗教は大きく分けて、人工的な宗教の自然発生的な宗教と２つに分けられます。

人工的な宗教は多数の人々を治めるためにつくられた宗教です。例えばユダヤ教で、ユダヤ教は神が世界を造っているため、人の手で神は造れないという考えから、神の姿形をまねた偶像崇拝は禁止されています。

自然発生的な宗教はどこであろうと自然に発生する宗教で，近くの山など、人知を越えた自然を崇拝するような宗教です。例えば、神道で、神道では世界が既に存在していて、そこに神が居ると考えられ、海の神であるワダツミノカミや山の神であるオオヤマツミノカミなどさまざまな八百万の神がいるとされます。既に物質的なものがあり、そこに神が宿るという考え方なので、神道はまるで偶像崇拝のように、神を剣や鏡などに神を宿すことができます。

そして、その神が宿ったご神体を安置する場所として、本殿が必要になるのです。

偶像崇拝が禁止されているような宗教では教会しかないことが多いので、ご本殿があるというのはそれ自体が珍しいことであると思われます。